Хабаровский пограничный институт Федеральной службы безопасности Российской Федерации является федеральным государственным казённым образовательным учреждением высшего образования, находящимся в федеральном подчинении.
Институт образован в соответствии с постановлением Совета Министров - Правительства Российской Федерации от 5 мая 1993 г. № 421 «О создании в составе Пограничных войск Российской Федерации Хабаровского военного пограничного института».
В соответствии со ст. 12 Закона Российской Федерации от 10 июля 1992 г. № 3266-1 «Об образовании» Институт был отнесен к государственным образовательным учреждениям высшего профессионального образования (высшим учебным заведениям).
Распоряжением Совета Министров - Правительства Российской Федерации от 30 августа 1993 г. № 1552-р Институт переименован в «Хабаровский военный институт Пограничных войск Российской Федерации».
Постановлением Правительства Российской Федерации от 13 августа 1996 г. № 964 Институт переименован в «Хабаровский военный институт Федеральной пограничной службы Российской Федерации».
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 24 октября 2003 г. № 1535-р Институт переименован в «Хабаровский пограничный институт Федеральной службы безопасности Российской Федерации».
С 2015 года Институт является федеральным государственным казённым образовательным учреждением высшего образования. Имеет лицензию и государственную аккредитацию.
Учредителем и собственником имущества Института является Российская Федерация. Функции и полномочия учредителя и собственника осуществляет ФСБ России.
Институт непосредственно подчиняется руководителю Службы организационно-кадровой работы ФСБ России.
Институт осуществляет свою деятельность в соответствии с Конституцией Российской Федерации, Федеральным законом «О федеральной службе безопасности», Законом Российской Федерации «Об образовании», иными нормативными правовыми актами Российской Федерации в области образования, межведомственными соглашениями, ведомственными нормативными правовыми актами и Уставом Института.
Полное наименование Института - федеральное государственное казённое образовательное учреждение высшего образования «Хабаровский пограничный институт Федеральной службы безопасности Российской Федерации». Сокращенное наименование – ФГКОУ ХПИ ФСБ России.